1889 a 1894
 

A partir de 15 de novembro de 1889, com a instauração da república, pelo General Deodoro da Fonseca, o Brasil presenciou uma sucessão de movimentos subversivos, alguns dos quais tiveram êxito outros não. Associado e esses movimentos, a quebra financeira causada pelo encilhamento provocou inquietação junto a população e facções da forças armadas.
Liderado pelo Almirante Custódio de Melo, segmentos da marinha opuseram-se a permanência no governo, do Vice-presidente Floriano Peixoto, que desejava completar o mandato do presidente anterior.
Esse movimento, que incluiu algumas das mais poderosas unidades da armada, como o Emcouraçado Aquidabã foi chamada de Revolta da Armada
.
Os principais combates ocorreram entre as unidades revoltosas e os fortes costeiros, no Rio de Janeiro e no Desterro, atual Ilha de Florianópolis, (homenagem ao general que desmontou o movimento), que no mesmo período estava envolvida na Revolução Federalista.
Apesar da pouca combatividade das duas partes, pois muitas das facções, tanto da marinha como do exército que controlava os fortes, não estivessem totalmente integrados nos movimentos, diversos combates terminaram por causar o afundamento, temporário ou definitivo, de vários navios, entre os quais, alguns dos mais importantes da Marinha do Brasil.

 
Forças Legalistas Transporte Madeira Marajó Palas Canhoneira Javarí Encouraçado 7 de Setembro Cruzador Pereira  da Cunha Encouraçado Aquidabã
 
Navios da Esquadra Rebelde
 
Navios revoltosos da Marinha do Brasil

Aquidabã (Encouraçado) - Araguari (Torpedeira) - Esperança (Cruzador auxiliar) - Iguatemi (Torpedeira) -
Javari (Encouraçado Fluvial)
- Madeira (Navio Transporte) - Marajó (Canhoneira) - Marcílio Dias (Torpedeira)
Pereira da Cunha (Cruzador auxiliar) - República (Cruzador) - Sete de Setembro (Encouraçado)
Tamandaré (Cruzador) - Trajano (Cruzador)

 
Durante o movimento, diversas embarcações civis foram confiscadas pelas forças revoltosas para suprir as necessidades dos navios e tripulantes da esquadra no transporte de combustível, munição e víveres.
 
Navios civis incorporados às forças rebeldes
Júpiter - Marte - Mercúrio - Paraíba - Vênus - Uranus - Pallas (Todos da Companhia Frigorífica Fluminense)
Adolpho de Barros - Gil Blas (Navegación Lage) - Meteoro (Lloyde Brasileiro) - Luci - Guanabara
Vulcano - Glória - Bitencourt (Todos da Wilson and Sons)

Navios da Esquadra Legalista
(Conhecida como "A esquadra de papelão")

Alagoas (Couraçado) - Andrada (Cruzador-Auxiliar) - Bento Gonçalves (Torpedeira)
Gustavo Sampaio (Caça-Torpedeira) - Itaipú (Transporte) - Itaoca (Cargueiro) - Niteróy (Cruzador-Auxiliar)
Parnaíba (Cruzador) - Pedro Afonso (Torpedeira) - Pedro Ivo (Torpedeira) - Piratini (Canhoneira)
Sabino Vieira (Torpedeira) - Santos (Transporte) - São Salvador (Transporte) - Silva Jardim (Torpedeira)
Silvado (Torpedeira) - Solimões (Couraçado) - Tamboril (Torpedeira) - Tiradentes (Cruzador).